二代测序（NGS）是发始于国外、盛行于国内的分子生物学技术在临床的应用。其基本原理是对临床标本中可能存在的所有病原微生物的基因片段进行测序，通过比对基因库储备微生物基因序列片段，评估样本中可能存在的病原。最大的优势为不预设病原种类，检测病原范围广泛（~种），远远超出了常规微生物检测技术所能达到的检测能力。
但NGS最大的问题则是所报告的检出微生物序列片段的临床价值难以确定，必须与临床相关资料结合研判其意。因此，NGS是一把“双刃剑”，具有敏感性超高、特异性不强的特点。同时，由于特异性不高，导致NGS无法成为常规的临床检测方法，这也是在国外难以推行的理由之一。但正因为如此，国内多个专科学者基于用好这项技术、又不至于误导临床的目的，先后出台多个专家共识和专家建议。
本人作为国际呼吸杂志总编也撰写了专家述评，就下列敏感问题提出建议，包括规范肺感染诊断逻辑思维是用好宏基因组二代测序（mNGS）的基础；哪些患者适合送检mNGS；哪些标本适合送检mNGS；如何提高送检标本质量；重症肺部炎症性疾病mNGS结果解读策略；如何看待不同公司NGS检测技术优势等。
就重症肺部感染性疾病来说，快速病原学诊断非常重要，而具体监测手段应取决于有价值标本的获取。如有脓血性痰液的化脓性细菌感染痰涂片，痰液细菌培养通常能满足临床需要；弥漫性间质样改变首先需要结合宿主条件、发热、痰液性状、肺部CT特征，以及抗感染效果鉴别感染与非感染，由于其多伴有低氧性呼吸衰竭，特别需要早期决定是抗感染治疗还是激素干预。因此，肺泡灌洗液NGS与必要的抗原物质（如GM实验）检测非常重要，特别是对常规检测阳性率不高的病原体，如隐球菌、肺孢子菌、奴卡菌、病毒等。
而对于起病急、病情重的高度可疑病毒性肺炎应首先选择多重PCR检查快速确诊，必要时再选用NGS。对于相对局限的复杂、难治性炎症，可以选择局部肺泡灌洗与经皮肺针细活检。同时，送检NGS与病理学，有助于明确诊断增生性病变（肉芽肿、机化等）与特殊感染（如结核与非结核分枝杆菌）。
另外，需要对不同公司开展的NGS技术有所了解，选择适当标本进行检测。一般情况下靶向二代测序（tNGS）能满足绝大多数患者检测需要，而少见、复杂的感染可能需要mNGS，以便更大范围的病原筛查。同时，NGS对混合感染、排除感染、评估抗感染效果也有指导作用。因此，临床医生应用好这项技术是一门临床综合能力，而不应被动地依赖NGS技术。
专家简介
医院阎锡新教授
医学博士，博士后导师，主任医师，二级教授
医院呼吸与危重症医学一科主任
河北省呼吸疾病研究所所长
河北省呼吸危重症重点实验室主任
担任中华医学会呼吸病学分会委员，中国医师协会呼吸医师分会常委，中国医师协会整合医学医师分会整合呼吸专业委员会副主任委员，中国老年医学学会呼吸病学分会常委，河北省医师协会呼吸医师分会会长，河北省医学会呼吸病学分会前任、候任主任委员，河北省呼吸与健康学会副会长，《国际呼吸杂志》总编辑等职务
全国抗击新冠疫情先进个人
文丨医院阎锡新教授
编排丨冯熙雯
校对丨王申冲
审核丨邢辰